臼杵市では農作物の生産が盛んです。西日本有数の生産を誇る葉たばこや夏秋ピーマン、カボス、ニラ、そして、味、質の高いイチゴ、甘藷（甘太くん）、トマトなどが栽培され、近年、うすきいろのカボスに注目が集まっています。
　米については、「ヒノヒカリ 」「にこまる」などが栽培されています。特に近年では、地球温暖化などにより水稲作柄は、不安定となっているため、高温耐久性品種であり、良食味の新品種「つや姫」を推進しています。また、認定農業者を中心に特別栽培米の「吉四六（きっちょむ）米」や、地域特産米「たまごのおこめ」の作付も行っており、高品質・良食味を基本とした安全・安心な「売れる米づくり」を目指しています。
　また、臼杵市土づくりセンターで製造する草木を主原料とした完熟堆肥「うすき夢堆肥」による土づくりを基本とした環境保全型農業・有機農業を強く推進しています。
　平成23年度には、うすき夢堆肥などの完熟堆肥で土づくりを行い、化学肥料を使わずに生産された農産物を市長が認証する「ほんまもん農産物認証制度」を制定し、市民の健康増進と持続可能な農業の確立を目指しています。